Raziskovalni projekti

Vsebinski opis projekta

Projekt se osredotoča na preučevanje zapletenih mehanizmov interakcij med celicami in prenosa genov pri bakteriji B. subtilis, ki smo jo izolirali z nabrežja reke Save v Sloveniji.

Namen projekta je raziskati, kako bakterijske interakcije vplivajo na dinamiko prenosa genov in evolucijo bakterije B. subtilis. Predvidevamo, da bo najvišji prenos genov opazen med sorodnimi sevi znotraj vrst in da se bo s sorodstveno raznolikostjo med sevi zmanjševal. Hkrati pričakujemo, da bomo odkrili korelacijo med filogenijo in vzorci prisotnosti/odsotnosti dodatnih genov ter da interakcije med celicami spodbujajo prenos genov in nastanek novih tipov sorodstvene raznolikosti.

Naši cilji vključujejo preverjanje hipotez o spolni izolaciji in horizontalnem prenosu genov med različnimi sevi B. subtilis, uporabo primerjalne genomike za identifikacijo genov, povezanih s prenosom DNK, ter eksperimentalno evolucijo za simuliranje nastanka novih tipov sorodstvene raznolikosti in prenosnih poti. Rezultati tega projekta bodo pomembno prispevali k našemu razumevanju bakterijskih interakcij in prenosa genov, kar lahko vpliva na razvoj in uporabo bakterijskih biotehnologij, načrtovanje kmetijskih praks in obvladovanje mikrobnih populacij v različnih okoljih.

Sestava projektne skupine

• povezava na Sicirs

Faze projekta in njihova realizacija

Projekt bo sestavljen iz 4 znanstvenih delovnih sklopov (DS) za obravnavo zastavljenih specifičnih ciljev in enega delovnega sklopa, namenjenega razširjanju, uporabi rezultatov in upravljanju podatkov. Glavni cilji delovnih sklopov vključujejo optimizacijo metod, preučevanje vpliva spolne izolacije na prenos DNK, sestavljanje genomov in primerjavo ter analizo evolucije in horizontalnega prenosa genov pri bakteriji B. subtilis, s ciljem razširiti razumevanje pretoka genov in evolucije te bakterije in sorodnih vrst.

DS1 se bo osredotočil na preučevanje vpliva spolne izolacije na prenos DNK v tekočem in poltrdnem gojišču, pri čemer bodo preučene različne stopnje sorodnosti med donorsko in recipientsko DNK. V DS2 bo sekvencirali genome bakterije B. subtilis in izvedli primerjalno genomiko, da bi raziskal evolucijske vzorce in identificirali nove gene, ki sodelujejo v sorodstvenem razlikovanju. V DS3 bomo izvajali in vitro evolucijske poskuse za preverjanje hipotez o vlogi stresa in horizontalnega prenosa genov pri razvoju novih fenotipov. Nazadnje, v DS4 bomo uporabili bioinformacijska orodja za analizo sekvenciranih genomov evolviranih sevov.

Projekt je zasnovan za pridobitev celovitega razumevanja pretoka genov in evolucije bakterije B. subtilis ter raziskovanje možnih aplikacij v medicini in biotehnologiji.

Citati

• povezava