Raziskovalni projekti

Vsebinski opis projekta

Namen projekta je razjasniti vlogo zunajceličnih proteaz v biofilmu bakterij Pseudomonas za izboljšanje preživetja patogenih bakterij v mesu. V projektu bomo določili metabolno aktivnost bakterij Pseudomonas s poudarkom na proteazni aktivnosti na ravni genoma in fenotipa. S tem bo lahko identificirali in karakterizirali tudi nove proteaze bakterij Pseudomonas ter zapolnil vrzel v razumevanju njihove vloge v kvarjenju mesa. N bomo določili povezavo med proteazno aktivnostjo bakterij Pseudomonas in njihovo tvorbo biofilma, ki jo bomo določili na osnovi živosti celic biofilmske biomase in metabolne aktivnosti. Z in vitro raziskavo bomo določili tip interakcije med izbranim sevom bakterije Pseudomonas s patogenimi bakterijami (gramnegativnimi Campylobacter jejuni, Salmonella enterica in Escherichia coli; grampozitivnimi Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus in Bacillus cereus). Določili bomo vlogo hkratne in pred-kultivacije biofilma bakterij Pseudomonas za patogene in vlog proteazne aktivnosti bakterij Pseudomonas za zagotavljanje hranil patogenom. Z izbrano kombinacijo bakterij Pseudomonas-patogen, kjer bo prisoten pozitiven medsebojni vpliv interakcije, bomo z analizo transkriptoma in proteoma določili osnovni mehanizem aktivnosti proteaz bakterij Pseudomonas, s katerim bomo razumeli odziv bakterij Pseudomonas v interakciji s patogenom. Integracija pridobljenih podatkov nam bo omo razumevanje mehanizmov, na katerih temelji proces tvorbe biofilma bakterij Pseudomonas, ki ga modulirajo zunajcelične proteaze. Tako bomo izpostavili temeljne mehanizme delovanja proteaz biofilma bakterij Pseudomonas ne le za kvarjenje ampak tudi za tveganje za zdravje ljudi za interakcij s patogenimi bakterijami.

Sestava projektne skupine

povezava

Faze projekta in njihova realizacija

Projekt je sestavljen iz treh faz. V prvi bomo identificirali izolate bakterij Pseudomonas iz piščančjega mesa in jim določili proteazno aktivnost. V drugi fazi bomo to aktivnost povezali s tvorbo biofilma bakterij Pseudomonas in vlogo proteaz bomo nadalje raziskali za pomen interakcije bakterij Pseudomonas z različnimi patogeni. V zadnji fazi bomo za izbrana seva Pseudomonas-patogen analizirali proteom in transkriptom za razložitev odziva bakterije Pseudomonas v interakciji s patogenom.

Citati

povezava