Biotehniška fakulteta je zelo uspešna pri sklepanju mednarodnih sodelovanj in pridobivanju projektov, ki so financirani iz evropskih virov. Trenutno se na fakulteti izvaja več kot 80 evropskih projektov, med njimi največ projektov iz programa Obzorja 2020 ter Obzorja Evropa. Aktivni so tudi projekti iz programa LIFE, INTERREG, ERA NET, projekti razvoja raziskovalne infrastrukture za mednarodno konkurenčnost slovenskega raziskovalnega RRI prostora ter projekti v okviru drugih mehanizmov.
Fakulteta se uspešno povezuje tudi na področju projektnega sodelovanja za inovacije in izmenjavo dobrih praks ter znotraj področja podpore za reformo politike. Ti projekti potekajo znotraj akcije Erasmus+, trenutno se na fakulteti izvaja 7 tovrstnih projektov.