Biotehniško fakulteto vodi, zastopa in predstavlja dekanja, ki je njena strokovna vodja, pri delu ji pomagajo prodekani fakultete.
Organi Biotehniške fakultete so:
- dekanja
- akademski zbor;
- senat;
- upravni odbor in komisije;
- študentski svet.
Notranje organizacijske enote fakultete so oddelki, katedre, posebne enote, tajništva oddelkov in tajništvo fakultete.
Organa posameznega oddelka sta prodekan za področje, ki ga pokriva oddelek in senat oddelka.
Katedra je temeljna organizacijska enota pedagoškega, znanstvenoraziskovalnega in strokovnega dela, ki ga izvaja oddelek.