Udeležence je naprej pozdravila prof. dr. Nataša Poklar Ulrih, dekanja Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani: »Vesela sem, da je bil oddelek ustanovljen v mojem mandatnem obdobju. Oddelek za mikrobiologijo je najmlajši in najmanjši oddelek na fakulteti ter hkrati med najodličnejšimi. Vsem članom oddelka želim veliko uspeha na novi začrtani poti. Pridobljen ERC projekt doc. dr. Anne Dragoš pa je najlepše darilo ob ustanovitvi oddelka.« Dodala je še, da so se z ustanovitvijo oddelka uresničile sanje mnogih študentov in profesorjev študija mikrobiologije ter seveda mikrobiologov.

Sledil je nagovor prof. dr. Gregorja Majdiča, rektorja Univerze v Ljubljani, ki je opomnil, da je mikrobiologija spremljala človeštvo že vse od začetka: »Ljudje so že zelo kmalu spoznali učinek t.i. pozitivnih bakterijah, pomembne so bile v vseh civilizacijah, najpogosteje za pridelavo  alkoholnih pijač. Patogene mikrobe so začeli raziskovati kasneje in epidemija v zadnjih letih je pokazala, da so te raziskave pomembne in da nismo varni pred mikroorganizmi v našem okolju. Študij mikrobiologije, ki je bil ustanovljen 1993 je bil vizionarski, tako po svojem področju kot po organizaciji. Že takrat so ustanovitelji videli pomen enotnega zdravja.« Dodal je, da je ERC projekt PHAGECONTROL s področja biomedicine najlepša popotnica ob ustanovitvi oddelka. 

Prof. dr. Igor Švab, dr. med., dekan Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani je prisotne nagovoril: »Že vrsto let tudi na drugih področjih dobro sodelujemo z Biotehniško fakulteto. Na področju mikrobiologije si želimo nadaljevati sodelovanje z aktivno udeležbo pri načrtovanju in izvajanju pedagoškega procesa. Posebej, ker je interdisciplinaren študij mikrobiologije študentom omogočili široke možnosti zaposlitve.« Izpostavil je, da bo oddelek študentom mikrobiologe ponudil domače okolje, kjer se bodo lahko še bolj uspešno razvijali, profesorjem pa prostor za še bolj ambiciozno delo. 

Prof. dr. Maja Ravnikar, direktorica Nacionalnega inštituta za biologijo, pa se je v svojem nagovoru dotaknila dolgoletnega sodelovanja na raziskovalnem področju: »Mikrobi so najštevilčnejša oblika organizmov na zemlji, prisotni so pod zemljo in nad zemljo, tvorijo številne ekosisteme, tudi v in na človeku. Prav zato je pomembno, da je bil Oddelek za mikrobiologijona ustanovljen  Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani. To je pomembno tako za študentke in študente kot za profesorice in profesorje. Posebej sem vesela, da bodo svoje prostore oblikovali znotraj Biološkega središča in da bomo lahko sodelovali tudi v prihodnje.« Na koncu je vsem na oddelku zaželela veliko sreče in uspešno delo. 

Sledil je nagovor prof. dr. Marjance Starčič Erjavec, predsednice Slovenskega mikrobiološkega društva, ki je vse prisotne pozdravila z besedami: »Mikrobiološko društvo že več kot 6 desetletij združuje mikrobiologe. Že ustanovitev Študija mikrobiologije je mikrobiologijo v Sloveniji razsvetlila kot komet. Ne samo za pedagoški proces, svoj dom smo dobili tudi vsi mikrobiologiji, ki se je z ustanovitvijo Oddelka za mikrobiologijo še utrdil prav na Biotehniški fakulteti.« Izpostavila je tudi, da je bil oddelek ustanovljen v prelomnem času, ki mikrobiologom ponuja iskanje rešitev za našo lepšo, skupno prihodnost.

Vizionarska ustanovitev Študija mikrobiologije in v letu 2021 Oddelka za mikrobiologije

Študij mikrobiologije so ustanovili 4 matičarji pokojni zaslužni profesor prof. dr. France Megušar, prof. dr. Franc Viktor Nekrep, zaslužni profesor Univerze v Ljubljani in vodja študija mikrobiologije, prof. dr. Miklavž Grabnar in prof. dr. Miha Janc.

Oddelek za mikrobiologijo je predstavila prof. dr. Ines Mandić Mulec, prodekanja za mikrobiologijo. Izpostavila je da je že skoraj 30 let želja vseh mikrobiologov, da se oblikuje samostojni Oddelek za mikrobiologijo in ta možnost se je prvič pokazala kot realna v mandatu dekana prof. dr. Emila Erjavca ter prodekanov prof. dr. Nataše Poklar Ulrih in prof. dr. Miha Humarja. Njihov cilj je bil, da fakulteta postane hram vrhunske znanosti, kreativnosti in napredka, kar je sprožilo tektonske premike v organizaciji fakultete, med katerim je bila tudi ustanovitev Oddelka za mikrobiologijo v času mandata dekanje prof. Nataše Poklar Ulrih.
Prof. dr. Ines Mandić Mulec je prisotne nagovorila: »Iskreno se zahvaljujem Emilu, Nataši in Mihu za njihovo vizijo, odločnost, podporo in vztrajanje na začrtani poti do ustanovitve oddelka. Hvala senatorjem fakultete, ki ste podprli ustanovitev oddelka. Študij mikrobiologije je bil administrativno vezan na Oddelek za živilstvo, zato posebna zahvala Selmi Muhar za njeno predano delo in skrb ter Nives Turk za njeno  skrb za študente in prodekanji prof. dr. Lei Demšar za podporo. Posebna zahvala pa gre sodelavkam in sodelavcem na Oddelku za mikrobiologijo za njihovo predano delo in trud, ki zagotavlja uspešen razvoj oddelka.« Pojasnila je, da je prihodnost oddelka usmerjena v pedagoško in raziskovalno odličnosti, kar so že potrdili z organizacijo pedagoške konference učiteljev in asistentov v juniju ter uspehi pri pridobivanju raziskovalnih projektov in objavah v vrhunskih znanstvenih revijah.
Oddelek za mikrobiologijo je organiziran v dve katedre, Katedro za mikrobno diverziteto, mikrobiomiko in biotehnologijo, ki je locirana na Rodici, in Katedre za mikrobno ekologijo in fiziologijo, ki je locirana na Večni poti 111. Cilj je povezati obe katedri na lokaciji v Ljubljani, na Večni poti 111. Na oddelku poteka pedagoški proces na 1., 2. in 3. stopnji.
Prof. dr. Ines Mandič Mulec je posebej izpostavila pomen dobrega sodelovanja znotraj in med fakultetami, inštituti in z gospodarstvom za dosedanji in nadaljnji razvoj mikrobiologije.  

Predstavitev raziskovalnih področij

Raziskave na Katedri za mikrobno diverziteto, mikrobiomiko in biotehnologijo je predstavil prof. dr. Gorazd Avguštin:

»Katedra za mikrobno diverziteto, mikrobiomiko in biotehnologijo je zgodovinsko vezana na preučevanje procesov in mikroorganizmov, ki naseljujejo anaerobne mikrobne ekosisteme. S klasičnimi in z bioinformacijsko analizo podprtimi pristopi izoliramo in preučujemo striktno anaerobne bakterije iz rodov Prevotella, Ruminococcus in Pseudobutyrivibrio. Z molekularnimi in bioinformacijskimi pristopi preučujemo sestavo in spremembe v sestavi mikrobiomov iz prebavnega trakta živali in človeka, bodisi v povezavi s spoznavanjem diverzitete teh anaerobnih mikrobnih sistemov (prežvekovalci, prašiči, miši, kunci, močerili), bodisi v povezavi s spremembami sestave mikrobiomov, ki so povezane z bolezenskimi stanji gostitelja (avtizem, debelost, metabolični sindrom, rak želodca). S sodelavci preučujemo tudi bakteriofage rodov Campylobacter in Bacteroides in preučujemo mehanizme njihove evolucije.
Izvajamo tudi raziskave o vplivih različnih snovi (predvsem rastlinskih metabolitov) na spremenjeno aktivnost in sestavo metanogenih arhej ter drugih mikroorganizmov, ki v vampu prežvekovalcev metanogenim arhejam zagotavljajo ključna hranila (predvsem vodik) za proces metanogeneze. Tako poskušamo prispevati svoj delček k razumevanju in morda tudi razrešitvi globalnih klimatskih težav s katerimi se soočamo in so med drugim in očitno tudi posledica emisij metana iz živinorejskega sektorja.
Že v osemdesetih letih prejšnjega stoletja smo se začeli ukvarjati tudi z raziskavami proizvodnje bioplina kot obnovljivega vira energije. Raziskujemo predvsem proizvodnjo bioplina iz težje razgradljivih odpadnih organskih snovi, kot so lignocelulozni žetveni ostanki, pivske tropine, oljčne tropine ipd., kjer pospešujemo razgradnjo in tvorbo metana s pristopi bioaugmentacije (v proces dodajamo izolirane hidrolitične bakterije). V povezavi z recikliranjem težje razgradljivih organskih odpadkov v zadnjem obdobju raziskujemo tudi mikrobno razgradnjo keratina v volni in perutninskem perju.

Pri svojem delu uporabljamo tradicionalne mikrobiološke metode, ki omogočajo izolacijo in gojenje striktno anaerobnih mikroorganizmov, ter moderne molekularne metode, ki večinoma temeljijo na analizi DNA (od PCR do sekvenciranja, FISH v povezavi s pretočno citometrijo, metode rekombinantne DNA tehnologije, bioinformacijske analize genov in genomov). Poleg omenjenih uporabljamo širok nabor kemijskih in biokemijskih metod (GC kromatografija za analizo plinov, kratko- in dolgoverižnih maščobnih kislin, metode za izolacijo in analizo specifičnih encimov in encimskih sistemov), in specializirane (mini)reaktorske sisteme (Infors, Gas Endeavour), ki nam omogočajo in vitro simulacije in manipulacije anaerobnih mikrobnih združb. V okviru okoljskih raziskav smo razvili tudi nekaj biotestov za testiranje genotoksičnosti, ki temeljijo na uporabi evkariontskih mikroorganizmov.

Veliko truda vlagamo v delo s študenti na do in podiplomskem nivoju. Trenutno poteka na katedri delo na petih doktorskih nalogah, v zadnjih 20. letih pa so bili sodelavci na katedri (trenutno 10 redno zaposlenih) mentorji ali somentorji pri 27 uspešno zaključenih doktorskih nalogah, ter 150 univerzitetnih diplomah in magisterijih.«

Raziskave na Katedri za mikrobno ekologijo in fiziologijo pa prof. dr. Ines Mandič Mulec:   

»Na Katedri za mikrobno ekologijo in fiziologijo raziskujemo genetiko, fiziologijo, ekologijo in evolucijo mikroorganizmov ter pri svojih raziskavah uporabljamo metode rekombinantne DNA, fluorescenčno mikroskopijo, fluorimetrijo, celično sortiranje, bioinformatiko, različne mikrobne analitske metode, mikrofluidiko in reologijo.

Uporabljamo modelne bakterijske organizme in njihove viruse, ki jih osamimo iz različnih okolij ter proučujemo njihove odzive na nivoju posamezne celice ali v večceličnih skupnostih.

V zadnjem obdobju so vrhunske objave članov katedre v večini vezane na področje mikrobnih interakcij in mikrobnih biofilmov, ki jih raziskujemo na medicinsko in industrijsko zanimivih površinah ter v povezavi z različnimi gostitelji.

Poleg odkrivanja  mehanizmov komuniciranja, manipulacije, kooperacije in antagonizma med mikroorganizmi raziskujemo tudi mehanske lastnosti biofilmov, molekularne principe njihovega sestavljanja, in razvijamo nove metode za obvladovanje biofilmov in škodljivih mikroorganizmov.

Zaposleni na katedri (trenutno 20) veliko energije vlagamo v mentorstvo študentom. V zadnjih 20 letih smo bili mentorji ali somentorji pri 20 doktoratih in 257 univerzitetnih diplomah in magisterijih, trenutno na katedri pripravlja doktorate 10 študentov.«

Predstavitev ERC projekta PHAGECONTROL

Doc. dr. Anna Dragoš je za projekt PHAGECONTROL - Razvoj manipulacije gostitelja z bakteriofagom (The evolution of host manipulation by bacteriophage) pridobila 2,2 milijona evrov, od tega 1,5 milijona za raziskavo in 0,7 milijona za mikroskop, ki bo omogočal tridimenzionalno delo z najmanjšimi delci, kot so virusi.

Na predstavitvi projekta je izpostavila: »Imamo velik potencial, da odkrijemo znatni del genetske »črne skrinje« virusov ter nove protimikrobne spojine, ki jih prenašajo virusi. Te bi lahko našle uporabo v medicini, kot na primer alternative antibiotikom.« 

Projekt bo vzpostavil nove metode in ustvaril nova molekularna orodja za preučevanje prenosa virusov, ki bi v prihodnosti lahko izboljšale tudi napovedi širjenja epidemij. Razumevanje bakterijskih virusov, ki se vgradijo v bakterijski DNK, nas bo lahko približalo razumevanju vloge (retro)virusov v evoluciji človeka.

V zaključku se je zahvalila prof. dr. Ines Mandić Mulec, za vso podporo pri vrnitvi v Slovenijo, doc. dr. Iztoku Dogša za sodelovanje pri izboru mikroskopskega sistema, Simoni Leskovec za pomoč pri izbiri osnovne raziskovalne opreme, Službi za raziskovalno dejavnost Univerze v Ljubljani in administracijski službi Biotehniške fakultete za vso podporo med snovanjem in tudi med pripravami projekta. 

Podelitev Priznanj Biotehniške fakultete

Slavnostna akademija ob ustanovitvi Oddelka za mikrobiologijo se je zaključila podelitvijo Priznanj Biotehniške fakultete, ki jih je podelila prof. dr. Nataša Poklar Ulrih, dekanja Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani. Prejeli so jih posamezniki, ki so sodelovali pri ustanovitvi Študija in samostojnega Oddelka mikrobiologije.

Priznanja Biotehniške fakultete so prejeli: 

maričarji: 

prof. dr. Franc Viktor Nekrep, vodja študija mikrobiologije
prof. dr. Miklavž Grabnar, matičar
prof. dr. Miha Janc, matičar

prof. dr. Emil Erjavec, predsednik Upravnega odbora Univerze v Ljubljani in dekan Biotehniške fakultete v mandatu od 2017 do 2019, ki je kot dekan prvi podprl idejo o ustanovitvi oddelka

prof. dr. Peter Raspor, vodja študija mikrobiologije

prof. dr. Romana Marinšek Logar, vodja študija mikrobiologije

prof. dr. Gorazd Avguštin, predstojnik ustanovitvene katedre

prof. dr. Mandić Mulec, vodja študija mikrobiologije, predstojnica ustanovitvene katedre, prodekanja za mikrobiologijo

Slavnostna akademija ob ustanovitvi Oddelka za mikrobiologijo se je zaključila z druženjem v avli dvorane.