Zootehnika

Vsebinski opis projekta

Pri selekciji avtohtonih pasem, kamor kot najatraktivnejšo uvrščamo prav lipicanskega konja, veliko omejitev predstavlja majhnost populacije.Posledično selekcija ni prvenstveno usmerjena k izboljšanju fenotipa, ampak k ohranjanju genetske pestrosti ali kot pogosto rečemo, k ohranjanju pasemskih značilnosti. Tako je fenotip oz. produktivnost šele drugi po prioriteti. Pri lipicanskem konju je ohranjanje genetske pestrosti še posebej zahtevno, saj je efektivna velikost populacije zaradi zgodovinskih dogodkov, kot na primer selitev črede zaradi vojnih razmer, majhna. Če se omejimo na matično čredo v Kobilarni Lipica (KL), kjer smo z zakonom zavezani ohranjati 18 rodov kobil in 6 linij žrebcev, so izzivi pri selekciji še zahtevnejši. 

Aktualni rejski program in Zakon o živinoreji definirata izvajanje ukrepov za preprečevanje parjenja v sorodstvu s ciljem ohranjanja genetske pestrosti na osnovi rodovniških podatkov. Ocena sorodstva na osnovi rodovniških podatkov poda pričakovano sorodstvo med živalmi, ki je pogosto podcenjeno glede na dejanski genomski koeficient sorodstva, saj je rodovniška analiza omejena z globino in točnostjo rodovnika. Ocena sorodstva na podlagi genomskih informacij pa predstavlja realizirano sorodnost, ki upošteva sorodnost preko meja rodovnika in odraža dejanski rezultat procesa dedovanja molekul DNK (mejoze) od prednikov k danes živečim živalim. Tehnološki napredek in znižanje cene genotipizacije sta povečala dostopnost genomskih informacij tudi pri konjih. V naši raziskavi bomo za genotipizacijo uporabili SNP čipe s srednjo gostoto. S SNP čipi bomo genotipizirali okrog 300 konj v KL. Da bi zajeli več genetske variabilnosti bomo tudi za nekatere konje izven KL pridobili genomske informacije, ki so bile zbrane v okviru drugih projektov. S takim pristopom bomo pridobili vpogled v dejansko genetsko pestrost pasme, pripravili načrte parjenja na osnovi dejanske sorodnosti in pripravili trajnostno dolgoročno strategijo upravljanja črede lipicanskih konj KL s ciljem ohranjanja in dolgoročnega upravljanja genetske pestrosti. Namen naše raziskave je uporabiti rodovniške in genomske podatke za (i) oceno trenutne genetske variabilnosti in genetske strukture populacije lipicanskih konj, (ii) analizo inbridinga in efektivne velikosti populacije, (iii) analizo prispevkov posameznih živali, rodov in linij k današnji populaciji, (iv) test in implementacijo metodologije za optimizacijo parjenj z namenom dosega želenega rejskega cilja in minimizacijo inbridinga; (v) izdelavonačrta parjenja za minimizacijo sorodnosti v naslednji generaciji.

Sestava projektne skupine

• dr. Gregor Gorjanc
• dr. Klemen Potočnik
• dr. Jana Obšteter
• dr. Barbara Luštrek

Faze projekta in njihova realizacija

Delo na projektu bo razdeljeno na 3 glavne delovne svežnje:

DS1: Zbiranje vzorcev za genotipizacijo in zbiranje fenotipskih podatkov

oktober 2023 - december 2023

DS2: Priprava vzorcev in genotipizacija

december 2023 – februar 2024

DS3: Urejanje podatkov in testiranje metodologije, statistična analiza zbranih podatkov ter interpretacija rezultatov (točke A-G)

december 2023 – oktober 2024

A. Kontrola kakovosti genotipskih podatkov in uparjanje z rodovniškimi podatki

december 2023 – marec 2024
 

B. Analiza koeficientov in stopnje sorodstva na podlagi rodovniških podatkov
april 2024 – avgust 2024
 

C. Analiza koeficientov in stopnje sorodstva na podlagi genomskih podatkov
 april 2024 – avgust 2024
 

D. Analiza strukture populacije in ocena genetske variabilnosti ter efektivne velikosti populacije/pasme
 april 2024 – avgust 2024
 

E. Ocena genetskih prispevkov posameznih linij žrebcev in rodov kobil k trenutni populaciji
 april 2024 – avgust 2024
 

F. Implementacija selekcije z optimiziranimi prispevki za upravljanje genetske variabilnosti
 april 2024 – avgust 2024
 

G. Priprava paritvenega načrta za minimizacijo stopnje inbridinga

april 2024 – avgust 2024

Partnerji v projektu

• KIS - Kmetijski inštitut Slovenije