Tudi letos bo na Biotehniški fakulteti v Ljubljani potekala mednarodna poletna šola bioinformatike, ki bo namenjena dodiplomskim in podiplomskim študentom in zaposlenim raziskovalcem. Na šoli bo predaval gost iz tujine, strokovnjak na področju bioinformatike in statistike dr. Mikael Lenz Strube iz Tehniške univerze v Kopenhagnu (DTU, Danska). Študentje bodo imeli vsak dan teoretični uvod, kateremu bo sledilo praktično delo. Poletna šola, ki je ovrednotena s 3 ECST, bo potekala med 8-12. julijem 2024. Na šolo bomo sprejeli najboljših 25 kandidatov.

V letošnji šoli se bomo osredotočili na sestavljanje genomov z uporabo kratkih branj (SPAdes), dolgih branj (Flye) in hibridnih pristopov (Unicycler), nato pa na anotacijo genomov z uporabo orodja Bakta. Pokrili bomo tudi funkcionalno profiliranje genomov, pri čemer se bomo osredotočili na napoved sekundarnih metabolitov (antiSMASH) in anotacijo encimov, ki delujejo na ogljikove hidrate (CAZYmes) z uporabo dbCAN. Nato se bodo udeleženci podali v metagenomiko dolgih odčitkov, kjer se bodo naučili sestavljati majhne metagenome z metaFlye in taksonomsko razvrščati vsebine metagenoma z uporabo sekvenciranja 16S rRNA amplikonov (barrnap) in metod, ki temeljijo na kmerih (Kraken2). Teden se bo zaključil s vpogledi v taksonomsko analizo mikrobiomov, vključno s klasifikacijo podatkov sekvenciranja 16S rRNA ampliconov (DADA2), vizualizacijo in statistično analizo podatkov mikrobioma z uporabo paketa vegan. Do konca poletne šole bodo udeleženci pridobili celovito znanje in praktične veščine v genomski in metagenomski analizi, kar jim bo omogočilo prispevanje k področju biotehnologije in mikrobiološke ekologije.

Več informacij na povezavi. Vabljeni k prijavi!